El 12 de marzo de 1482, Tomás Torquemada fue nombrado Inquisidor General por orden de Fernando II de Aragón e Isabel I de Castilla o, lo que es lo mismo, los gobernantes de incipiente reino de España. Este monje dominico, que comenzó siendo el confesor de la princesa castellana, vio cómo se acrecentaba su poder tras el asesinato de un Inquisidor en Zaragoza en el año 1485 y de un supuesto asesinato ritual de un niño en el año 1491, ambos atribuidos a bandas de judíos.
En 1492, Torquemada fue el máximo propulsor de la expulsión de los judíos de España, a la vez que promovía los «autos de fe», que no eran otra cosa que la utilización de las torturas, basadas en denuncias anónimas, que solían acabar con la muerte de los acusados en las llamas de la hoguera. Torquemada se convirtió así en el máximo exponente de la crueldad y el fanatismo católico español, promoviendo entre otras cosas la quema de libros con lecturas judías y árabes.
En el tiempo que Torquemada estuvo al frente de la Inquisición, murieron más 10.000 personas en la hoguera y más de 27.000 sufrieron penas con castigos infames. La Inquisición se creó para atajar los actos de herejía dentro de la misma iglesia católica, concretamente en 1184, en la región del Langedoc, para combatir a los cátaros o albigenses. Se introdujo en la Península Ibérica a través del reino de Aragón en 1249, y se llamó Inquisición española desde la unión matrimonial de Isabel I de Castilla y Fernando II de Aragón en 1478. Su poder permaneció en activo hasta 1821.
La Inquisición española fue creada tras una bula papal con la finalidad de acabar con las prácticas judeizantes de los judíos conversos, dependiendo directamente de los reyes Católicos. En 1479 el reino de Navarra se desprendió del dominio aragonés tras la muerte de Juan II «el usurpador», rey de Navarra y de Aragón. El reino vasco no sólo se negó a expulsar a los judíos, sino que permitió el ingreso, libre de impuestos, a aquellos judíos expulsados del incipiente reino español.
Ello irritó a los reyes católicos, que comenzaron una política de presión, cargada incluso de amenazas de invasión sobre Navarra, lo que provoca que los judíos sean expulsados finalmente en 1498, bajo el reinado de Catalina I de Foix y Juan III de Albret o Labrit. Muchos judíos, antes de ser expulsados de Estado vasco, optaron por la conversión, sin sufrir persecuciones por la Inquisición (navarra) hasta el asentamiento de la ocupación española y, por ende, de su Inquisición, desde 1513.
Los primeros datos sobre la Inquisición, o algo similar, que se dan en el reino de Navarra datan de 1279, con los primeros juicios por «brujería». Estos juicios al principio se saldan con multas, pero en 1329 cinco mujeres fueron quemadas en la hoguera en Bastida, acusadas de herboleras y envenenamiento. Tras la invasión militar española, estos casos se dispararon, viéndose implicados en ellos no sólo comadronas o herboleras, sino sobre todo los navarros que defendían la legitimidad de Catalina y Juan, los reyes propios.
El católico Fernando II de Aragón, «el falsario», había logrado dos excomuniones falsas contra los soberanos navarros, extensibles a todos aquellos que se posicionaran por Catalina y Juan. La Inquisición española pareció asentarse en Iruñea, pero enseguida pasó a Lizarra, después a Tutera, para acabar en Calahorra en el año 1521, debido a los diferentes intentos navarros de reconquista. Acabó asentándose definitivamente en Logroño en 1570. Desde allí actuó sobre todos los territorios que pertenecían, o habían pertenecido, al reino de Navarra, ensañándose especialmente contra quienes usaban la lingua navarrorum.
Los valles, villas, pueblos y ciudades, declaradamente agramontesas, sufrieron la extrema crueldad de los inquisidores españoles ante las denuncias provenientes en su mayoría de beaumonteses, que buscan el enriquecimiento a costa de los bienes de los derrotados defensores de la independencia de Navarra. En 1609 se producen los famosos juicios contra los naturales de Zugarramurdi, en Logroño. La sentencia es de 10 penas de muerte, siendo 6 perdonados en «reconciliación».
La Inquisición española funcionó como arma principal para someter el país, y la religión católica un gran instrumento de los poderosos, que sembró el terror entre la población de la Navarra ocupada.
En la Navarra libre o soberana, durante el reinado de Juana III de Albret, tras abrazar ésta la reforma protestante en 1560, fue prohibida la entrada de inquisidores y jesuitas desde el sur del Pirineo, ante las horrendas noticias de asesinatos y torturas, cometidas por la Inquisición española en los territorios ocupados por el ejército del monarca español, Felipe II. Durante ese tiempo ello salvaguardó la integridad de los vasco(ne)s libres o navarros.
